Флаг Ненецкого автономного округа представляет собой полотнище, разделённое на три неравных полосы - белую, синюю и зелёную. Синяя полоса сверху ограничена орнаментом геометрически правильных фигур, традиционных в культуре народов Севера.
Белый цвет символизирует в геральдике чистоту, покой и первозданность. Синий цвет - символ постоянства, бесконечности. Зелёный - молодости, надежды, жизненной энергии.
Данный проект победил в конкурсе, проводившемся в 2002 году.
