Научно-образовательный отдел.
Информационно-аналитический отдел.
Отдел археологии, этнографии и природоведческих исследований.
Культурно-коммуникационный центр.
Филиалы:
Музейный комплекс «Купеческая усадьба», «Дом купца А.Г.Клепикова».
Центр патриотического наследия.
Мемориальный комплекс геологов-первопроходцев «Дом Ф.Салманова».