Среди студентов Петербургского университета есть политические деятели Эстонии. Юри УЛУОТС (1890-1945) изучал в 1910-1918 годах право в университете. Впоследствии был депутатом Рийгикогу, премьер-министром Эстонии и премьер-министром с полномочиями президента Эстонии.
Другим высокопоставленным эстонским политиком, обучавшимся в университете, являлся Отто ТИИФ (1889-1976). Учился в 1910-1916 на юридическом факультете, но так как он был призван в армию, то университет не окончил. Был депутатом Рийгикогу (1926-1929, 1932-1937), министром труда и социального обеспечения Эстонии (1926-1927), министром юстиции Эстонии (1927), министром по судебным делам Эстонии (1928). В 1944 году являлся главой правительства Эстонии (с 18 сентября 1944 года), которое считается в Эстонии последним конституционным правительством государства до времени восстановления независимости страны 20 августа 1991 года.
Аугуст РЕЙ (1886-1963) окончивший в 1911 году юридический факультет университета, являлся в 1918-1919 годах министром труда и призрения Временного правительства Эстонии, заместителем премьер-министра Эстонии, временно исполняющим обязанности министра образования Эстонии. Был председателем Учредительного собрания Эстонии (1919-1920), депутатом Рийгикогу (1920-1937), председателем Рийгикогу (1925-1926), государственным старейшиной Эстонии (1928-1929), министром иностранных дел Эстонии (1932-1933), премьер-министром Эстонии с полномочиями президента (1945-1963).
Не менее известным эстонским государственным деятелем, связавшим свою жизнь с университетом, был Антс ПИЙП (1884-1942), окончивший в 1913 году юридический факультет и проходивший в университете курс подготовки к профессорскому званию в 1913-1916 годах. В 1917 году стал доцентом университета. Являлся первым дипломатическим представителем Эстонии в Петрограде (1917), депутатом Рийгикогу (1919-1923), министром иностранных дел Эстонии (1921-1922, 1925-1926, 1933, 1939-1940).
Отто Аугуст СТРАНДМАН (1875-1941) учился в 1899-1901 годах в университете на юридическом факультете. Занимал должности министра юстиции Эстонии (1918), министра сельского хозяйства Эстонии (1918-1919), премьер-министра Эстонии и военного министра Эстонии (1919), министра иностранных дел Эстонии (1920-1921, 1924), председателя Рийгикогу (1921), министра финансов Эстонии (1924), государственного старейшины Эстонии (1929-1931).
Юридический факультет окончил и Яан ТЕЭМАНТ (1872-1941), который стал генеральным прокурором Эстонии (1918-1919), депутатом Рийгикогу (1923-1937), государственным старейшиной Эстонии (1925-1927, 1932).
Александр ВЕЙДЕРМА (1888-1972) окончил в 1914 году естественное отделение физико-математического факультета университета, впоследствии стал эстонским общественным деятелем в области просвещения, министром образования Эстонии (1922-1924).
С Петербургским университетом связаны имена эстонских революционеров. В 1906 году на естественное отделение физико-математического факультета поступил Виктор Эдуардович КИНГИСЕПП (1888-1922), член Исполкома Советов Эстляндского края (1917), член ВЦИК (1918). Однако на этом факультете он не доучился, и поступил в 1910 году на романо-германское отделение, однако потом поменял его на юридический факультет, который и окончил в 1917 году. Этот же факультет окончил в 1912 году Ян Янович АНВЕЛЬТ (1884-1937), председатель Эстляндского краевого исполкома Советов (1917), председатель правительства и нарком по военным делам Эстляндской трудовой коммуны (1918-1919), ответственный секретарь Интернациональной контрольной комиссии Коминтерна (1935-1937). Артур Гансович ВАЛЬНЕР (1887-1937) учился экстерном на физико-математическом факультете, который окончил в 1912 году. Он был народным комиссаром по культуре и образованию Эстляндской трудовой коммуны (1918), впоследствии - член Ленсовета, профессор педагогики и методики общественных наук, заведующий кафедрой ЛГУ. Аугуст Тынисович РИЙСМАН (РИСТМЕТС; 1890-1926), один их руководителей КПЭ (с 1925 года), учился на заочном отделении университета в 1922-1925 году. Юлиус Эдуард СЫРМУС (1878-1940), эстонский скрипач и революционер, редактор большевистской газеты «Эдази», учился в 1904-1905 годах на историко-филологическом факультете университета.
Известные ученые-эстонцы обучались и преподавали в Университете. Оскар КАЛЛАС (1868-1946), крупный эстонский фольклорист, один из основателей Национального музея Эстонии, работал с 1901 по 1903 год приват-доцентом кафедры сравнительной филологии историко-филологического факультета университета. Яков Карлович ПАЛЬВАДРЕ (1989-1936), окончивший ЛГУ в 1924 году, являлся командиром Эстонской стрелковой дивизии (1919-1920), специалистом в области истории революционного движения и Гражданской войны на территории Эстонии, преподавателем (1921-1925) и профессором (1927-1935) ЛГУ.
В 1914 году университет окончил Иоганнес ЛЕХТМАН (1886-1953), он был известным эстонским агрономом, депутатом Рийгикогу (1929-1932). Иоганнес ПИИПЕР (1882-1973), окончив в 1913 году физико-математический факультет университета, стал крупным эстонским зоологом (орнитологом и специалистом по морфологии животных), основателем эстонской школы орнитологии. Занимался популяризацией охраны окружающей среды. В университете учились Самуэль СОММЕР (1972-1940) – специалист по эстонским поселениям России (окончил юридический факультет в 1911 году); Юри НУУТЬ (1892-1952) – эстонский математик, космолог, ректор Таллинского технического университета (в 1939-1941 годах; он окончил физико-математический факультет в 1914 году); Яан ДЕПМАН (1885-1970) – эстонский математик (окончил в 1912 году физико-математический факультет). В университете обучался Николай ВИИТАК (1896-1942) – министр дорог Эстонии (1937-1940), эстонский военный; Иоганнес КЯЙС (1885-1950) – известный эстонский педагог, научный секретарь Эстонского союза учителей (окончил в 1918 году физико-математический факультет).
Фридрих Фромгольд МАРТЕНС (1845-1909), окончил в 1869 году юридический факультет университета. В 1873 году он защитил докторскую диссертацию «О консулах и консульской экспедиции на Востоке». С 1876 года он являлся ординарным профессором университета, в котором работал до 1905 года. Ф. Ф. Мартенс был чиновником особых поручений при государственном канцлере А. М. Горчакове (1879), постоянным членом Совета министерства иностранных дел Российской империи (с 1881 года). Он был постоянным участником международных конференций Красного Креста, конференций по международному частному праву в Гааге (1889–1890), I Гаагской конференции мира (1899), Постоянной палаты третейского суда в Гааге (1899), вторым уполномоченным II Гаагской конференции мира (1907).
Яан Вальтерович УНТ (1947-2012) окончил в 1976 году кафедру классической филологии ЛГУ. Эстонский филолог-классик, ученый и переводчик, он изучал философию стоиков и труды Марка Аврелия, которого он впоследствии перевел на эстонский язык.
Владимир Гансович ЭРМАН (род. в 1928 году), советский и российский индолог, переводчик, исследователь индийского эпоса и театра, окончил в 1951 году Восточный факультет ЛГУ (кафедра индийской филологии). Его отец был эстонцем. С 1955 года преподаёт на Восточном факультете ЛГУ, с 1989 года является профессором кафедры индийской филологии. В 1991-1997 годах был заведующим кафедрой индийской филологии СПбГУ. Перевёл ряд индийских драм, поэму Калидасы «Род Рагху» (прозой) и шестую книгу «Махабхараты». С 1988 года является почетным членом Эстонского академического общества востоковедов.
В 1952 году ЛГУ окончил Карл Карлович РЕБАНЕ (1926-2007), советский и эстонский физик, академик АН ЭССР (1967), член-корреспондент АН СССР (1976), академик АН СССР (1987), президент АН Эстонской ССР (1973-1990), депутат Совета Национальностей Верховного Совета СССР 9-11 созывов (1974-1989) от ЭССР. В своих работах К. К. Ребане исследовал спектроскопию кристаллов, предсказал и обнаружил горячую люминесценцию кристаллов (1968). Его брат Тоомас-Эрик Карлович РЕБАНЕ (1930-2012) являлся советским и российским физиком-теоретиком, доктором физико-математических наук, профессором, заведующим лабораторией атомов и молекул кафедры квантовой механики физического факультета ЛГУ/СПбГУ.
Родившийся в Петербурге Федор Дмитриевич КЛЕМЕНТ (1903-1973) окончил в 1934 году физический факультет ЛГУ, работал в Научно-исследовательском физическом институте ЛГУ (1931-1951), был доцентом кафедры оптики ЛГУ (1944-1951), профессором и ректором Тартуского университета (1951-1970), академиком АН ЭССР (1951). В научных работах ученого исследуется люминесценция твердых тел, спектроскопия твердого тела, условия возникновения кристаллофосфоров, физика ионных кристаллов.
Уроженец Таллина Рудольф Фердинандович ИТС (1928-1990) окончил в 1950 году Восточный факультет ЛГУ. Он был известным советским этнографом, специалистом в области этнической истории Восточной Азии, Сибири, Дальнего Востока, исследователем теории этнографии, профессором, доктором исторических наук, организатором и руководителем кафедры этнографии и антропологии исторического факультета ЛГУ, сотрудником, а с 1982 года и до своей смерти заместителем директора по Ленинградской части Института этнографии АН СССР, членом Союза писателей СССР. По его инициативе в 1970-х годах впервые начал отмечаться День этнографа (17 июля) - профессиональный праздник представителей различных этнографических школ.
Виктор Алексеевич ПАЛЬМ (1926-2010) родился в Тарту, окончил в 1952 году химический факультет ЛГУ, доктор химических наук, профессор. Исследовал строение и реакционную способность органических соединений, разрабатывал основы количественной теории органических реакций, выявлял влияние растворителя на скорость протекания химической реакции (уравнение Коппеля-Пальма). В 1970-х годах был одним из пятидесяти наиболее цитируемых за рубежом советских ученых, в 1978 он был избран академиком АН ЭССР. Являлся одним из создателей инициативной группы Народного фронта Эстонии (1988).
С 1910 по 1914 год романо-германскую филологию в университете изучал Иоганнес СЕМПЕР (1892-1970), эстонский поэт, писатель, переводчик, литературовед, политический деятель, автор слов гимна ЭССР (1944), министр просвещения ЭССР (1940-1948), председатель Союза писателей ЭССР (1946-1950).
Известный эстонский историк Ричард Адольф КЛЕЙС (1896-1982) учился какое-то время на историческом факультете университета, однако был вынужден бросить его в связи с тем, что его забрали в армию. Был главным редактором «Эстонской энциклопедии» (1932-1937), директором института истории АН ЭССР (с 1947 года), автор программного доклада «Задачи исследований в области истории русско-эстонских отношений» (1947).
Знаменитый эстонский психолог Константин РАМУЛЬ (1879-1975) обучался на историческом факультете университета (окончил его в 1908 году). Разрабатывал методику преподавания психологии в средней школе, исследовал психологические взгляды известных ученых, представителей мировой и российской психологической мысли, рассматривал специфику экспериментального подхода к изучению психических явлений, осуществлял систематизацию методов и методик экспериментального исследования. Другой эстонский психолог Вольдемар КОЛЬГА (род. в 1947 году) окончил в 1971 году факультет психологии ЛГУ, аспирантуру ЛГУ (1976). В своих трудах он исследовал охрану детства, знания и образование с постмодернистской точки зрения, женственность и мужественность.
Густав Иоганович НААН (1919-1994) окончил ЛГУ в 1941 году, был директором Института истории АН ЭССР (1950-1951), вице-президентом АН ЭССР (1951-1964), высказал гипотезу симметричной Вселенной (1964), являлся главным редактором «Эстонской советской энциклопедии» (1966-1989); в своих работах исследовал проблемы космологии и философские проблемы астрономии.
С университетом связаны имена многих прославленных эстонских спортсменов. Юри Аадувич ТАРМАК (род. в 1946 году), эстонский и советский легкоатлет, олимпийский чемпион в прыжках в высоту (Летние Олимпийские игры 1972 года), заслуженный мастер спорта СССР, кавалер орденов «Знак Почёта» и Эстонского Красного Креста, он изучал астрофизику в ЛГУ, окончил экономический факультет ЛГУ в 1975 году. Работал преподавателем и продеканом экономического факультета ЛГУ.
Богаты традиции сотрудничества между Петербургским и Тартуским университетами. 10 ноября 1913 года десятью эстонскими студентами в Санкт-Петербургском университете была создана студенческая корпорация «Роталия». Среди ее основателей были будущие премьер-министры Эстонии – Юри Улуотс и Отто Тииф, а также Роберт Трейкельдер и Иоганнес Мазик. Организация, располагавшаяся на 2-ой линии Васильевского острова, дом 43, и состоящая из студентов-эстонцев мужского пола, была одним из первых этнических студенческих землячеств города на Неве. По состоянию на 1916 год в корпорации состояли 26 эстонцев. С 1924 года корпорация стала действовать в Тартуском университете. В настоящее время она действует в Тарту, Таллине и Торонто. Целью корпорации является создание прочных дружеских связей между студентами и выпускниками разных университетов,
В 1970-ые годы существовала программа обмена материалами между ЛГУ и Тартуским университетом. В ЛГУ из Тарту доставлялся университетский журнал «Universitas Tartuensis». При ЛГУ окончили аспирантуру и защитили кандидатские и докторские диссертации юристы Тартуского университета В. Кельдер и доценты Э. Лаасик и Э. Плоом. В 1980 году между ЛГУ и Тартуским университетом был заключен Договор о научном и творческом сотрудничестве.
Дружеские и научные связи Петербургского университета с Эстонией развиваются и в настоящее время. В 2004 году состоялось открытие Кабинета эстонского языка на Филологическом факультете СПбГУ. Проект был реализован при поддержке ВУЗов Таллина и Тарту, Министерства образования и науки Эстонии, Генерального консульства Эстонской Республики в Санкт-Петербурге. Эстонская делегация привезла в подарок студентам СПбГУ учебники, словари и учебные фильмы для Кабинета.
Осенью 2007 года на кафедре финно-угорской филологии Филологического факультета университета появилась новые профилизации бакалавриата - «Зарубежные языки и литературы: эстонский язык и литература» (по направлению подготовки 031000 «Филология») и «Иностранные языки: финно-угорские языки: эстонский язык» (по направлению подготовки 031100 «Лингвистика»), а также образовательная программа магистратуры «Эстонский язык и перевод» (направление «Лингвистика», специализация «Теория и история языка и языки народов Европы»). Основной акцент на этих направлениях делается на изучении эстонской грамматики и практического эстонского языка.
В СПбГУ с февраля 2001 года работает лектор эстонского языка (первым командированным из Эстонии лектором была Сирье Раммо; с этого же времени эстонский язык начал преподаваться в университете как предмет по выбору), в СПбГУ с лекциями приезжают преподаватели из Эстонии. Студенческий обмен и студенческая практика набирают силу благодаря имеющимся международным соглашениям СПбГУ с такими эстонскими ВУЗами как: Тартуский университет (Договор о сотрудничестве от 18.10.1997; Протокол об академическом обмене от 10.03.2014), Таллинский университет (Рамочное соглашение о сотрудничестве от 17.10.2011), Академия Норд (Договор от 26.10.2006), Эстонский Институт (Соглашение о сотрудничестве от 09.12.2008) и Эстонская Школа Дипломатии (Соглашение от 11.09.2003). Университет сотрудничает и с другими эстонскими и балтийскими ВУЗами, входящими в Сеть университетов региона Балтийского моря (Учреждающее соглашение от 28.02.2000; Договор о сотрудничестве от 09.12.2010). Университет участвует в обсуждении проблем, связанных с высшим образованием в государствах Балтийского региона, используя площадку Конференции ректоров университетов стран Балтийского региона.
В 1996-1998 годах (а также в 2013 году) кафедра этнографии СПбГУ организовала цикл этнографических экспедиций (Псково-Печорский отряд), которые работали в российско-эстонском приграничье, собирая материалы по хозяйству, экономике, системе питания, социальным институтам, праздникам и обрядам народа сето. В 2011 года в Нарве по инициативе Академической Гимназии СПбГУ была организована российско-эстонская Летняя Школа, посвященная исследованию культурной антропологии в приграничных регионах. В ней приняли участие преподаватели Санкт-Петербурга, Тарту, Нарвы, а также гимназисты и студенты Нарвы и Петербурга.
В университет часто приезжают с лекциями известные эстонские общественные и политические деятели. Так, например, 26 ноября 2013 года в СПбГУ состоялась лекция мэра Таллина Эдгара Сависаара на тему «О перспективах эстонско-российского сотрудничества. Позиция современного эстонского политика». В марте 2014 года в университете состоялось выступление Мерле Харуоя (Эстонский институт по правам человека) на тему «Права национальных меньшинств в Эстонии», где была поднята тема этнических меньшинств Эстонии.
Представители СПбГУ посещают Эстонию, развивая плодотворное сотрудничество, их коллеги из эстонских ВУЗов также являются частыми гостями Петербургского университета. Так, в 2002 году СПбГУ посетила большая делегация, которую возглавил ректор Тартуского университета Яак Аавиксоо. В 2013 году Петербургский университет посетила делегация из Тартуского университета во главе с ректором Волли Кальмом. Стороны договорились о более интенсивном обмене студентов и академиков, о взаимной экспертизе научных и образовательных проектов и о использовании учеными Тартуского университета ресурсных центров СПбГУ.
А в декабре 2014 года в праздничных мероприятиях по случаю 95-летия Тартуского университета (как национального эстонского университета) принял участие первый проректор по учебной и научной работе СПбГУ И. А. Горлинский, который провел встречу с ректором старейшего эстонского ВУЗа Волли Кальмом. На ней обсуждались вопросы, связанные с совместным использованием научной инфраструктуры и вопросы взаимодействия библиотек двух ВУЗов. И. А. Горлинский передал ректору эстонского университета поздравительный адрес, подписанный ректором СПбГУ Н. М. Кропачевым, а также подарок – уникальную цифровую копию каталога изданий на эстонском языке и цифровые копии титульных листов редких эстонских книг из коллекции 1856-1862 годов, переданной в библиотеку Санкт-Петербургского университета Цензурным комитетом Министерства народного просвещения Российской империи.
Университет активно делится своим опытом по внедрению информационных технологий в учебный процесс. В 2012 году специалисты СПбГУ провели дистанционный семинар по вопросам организации тестирования в системе «Тестирование по русскому языку как иностранному» для учителей школ Эстонии и представителей Тартуского университета.
В 2012 году СПбГУ провел в Таллине и Нарве ежегодную олимпиаду школьников СПбГУ, одной из целей которой являлось привлечения талантливой молодежи к обучению в ведущих вузах России. Школьникам и их родителям рассказали о возможностях обучения в Санкт-Петербургском государственном университете.